《纸片马里奥：千年之门》最初于NGC平台发布，剧情主要是围绕着要收集七颗水晶之星的马里奥展开——倘若收集到了七颗水晶之星，便能打开千年之门。马里奥听说碧琪公主消失了以后，也接手了除了收集水晶之星以外的任务——那便是解救被绑架的碧琪公主《纸马千年之门》复刻和原。在每一章节中，还有小插曲版对比：画面效果全面升级，这时玩家需要扮演库巴、碧琪等人——他们在故事中又经历着互不相同的剧情。