在《合金装备2》的结尾，巨大的潜水堡垒兵工厂在曼哈顿坠毁。多年来公布的一些幕后细节则表明，在“911事件”之后撞向城市的这幕场景被删除了。

　　在最近接受杂志采访时小岛表示：“游戏主题的描述与“911事件”的众多相似之处使得它不适合在当时发行。在咨询了律师后，最终结果是游戏需要修改300多处。不用说，我们当时处于危机状态，这威胁到了游戏的发行和销售。”

　　小岛说，他被科乐美董事会召集开会，向他们解释《合金装备2》的故事细节。“每个人的面部表情都像是在说‘情况不妙’。”

　　当时他也认为“游戏不应该在这个时候发布。我别无选择，只能承担责任，从公司辞职。”有两个人改变了小岛的想法。其中一位是时任索尼电脑娱乐公司总裁，他告诉他:“这不是你应该感到羞耻的事情。你应该继续发行游戏。”

　　小岛还通过电子邮件联系了科乐美创始人。他回答说:“我已经下定决心了。游戏应该发行。你是怎么想的？”我被这句话打动了，我也下定了决心。”

　　虽然游戏的发行“推迟了几个星期”，但《合金装备2》最终于2001年11月发行取消《合金装备2》并从科乐美辞职，并获得了评论界的好评，至今仍受到粉丝的喜爱。

　　《合金装备2》并不是唯一一款在“911事件”之后经历改变的游戏。《GTA3》改变了自由城的警车，使之不太像真正的纽约警车。《蜘蛛侠2》也被推迟，因为游戏最后一个发生在世界贸易中心的顶部关卡将不得不改变因与911事件太像 小岛秀夫差点。